"Supilinna Salaselts" on armastatud lastekirjaniku Mika Keräneni raamatutel põhinev kogupereseiklus, mis leiab aset suvises Tartus. Filmi peategelased on neli Supilinna last Mari, Sadu, Olav ja Anton, kelle rõõmus argipäev pööratakse pea peale, kui Tartut tabab salapärane mürgitus, mis pooled linna täiskasvanud lasteks muudab.
Peategelastel on lahenduse leidmiseks aega vaid 48 tundi. Nii algab pead pööritav teekond vastumürgi poole, mis viib lapsed kõige ootamatumatesse paikadesse nii maa peal kui maa all.