Teise maailmasõja jooksul sattus Eesti kord natsliku, kord kommunistliku okupatsiooni alla. Mõlemad olid eestlastele vastumeelsed. Eestlased uskusid pikka aega et 14. augustil 1941 lääneliitlaste poolt Atlandi hartas antud lubadus — taastada sõja järel kõigi okupeeritud riikide iseseisvus — saab teoks. Rahvuslik vastupanuliikumine astus kontakti läänes tegutsevate Eesti diplomaatidega, andis välja lendlehti ning korraldas allumatuskampaaniaid. Eestlasi võitles Teises maailmasõjas mitme armee koosseisus. Venemaale viidud eesti sõjaväelaste ja mobiliseeritud meeste saatus oli traagiline. Talvel 1941–1942 suri sunnitöölaagritesse paigutatud eestlastest üle kolmandiku, ellujäänutest formeeriti 1942. aastal 8. Eesti Laskurkorpus. Saksa mobilisatsiooniga kaasa läinud meestest moodustati pataljon "Narva" ning 3. Eesti SS-Brigaad (hiljem 20. Eesti SS-Diviis). Alles 1944. a. suurenes eestlaste kaasaminek saksa mobilisatsiooniga — seda lootuses võidelda Eesti vabaduse eest. Viimane, ebaõnnestunud, katse Eesti iseseisvuse taastamiseks tehti 1944. a. septembris. Meeleheitlikule vastupanule vaatamata kaotasid eestlased sõja tulemusel iseseisvuse ning sattusid NSV Liidu okupatsiooni alla.