LEGO® Marvel™ Super Heroes sisaldab originaalset lugu, mis läbib kogu Marveli universumi. Mängijad võtavad kontrolli Raudmehe, Ämblikmehe, Hulki, Kapten Ameerika, Wolverine´i ja paljude teiste Marveli tegelaste üle, kui nad ühinevad, et takistada Lokil ja paljudel teistel Marveli kurikaeltel kokku panemast superrelva, mis suudab maailma hävitada.