Geeniteadlane dr. Kavita Rao leiutab seerumi, mis peaks mutatsioone põhjustavad geenid alla suruma ja mutantide tekke peatama. Seerumi nimeks pannaks Lootus. Osad mutantid tõepoolest loodavad selle abil oma inimlikkust taastada, teised ei nõustu mingi hinna eest oma võimetest loobuma.
Lisaks üha kasvavale pingele Xavieri ja Magneto mutantide vahel, seisavad nad silmitsi elluärganud meesonnakaaslase, Jean Greyga, kelle omandatud kosmilised jõud ähvardavad kogu planeeti.
Maailma on ees ootamas lahing, millesarnast ajalugu veel näinud ei ole.