Ühes vaikses Pennsylvania linnakeses kukub kooli pesapalliväljakule tuhat surnud kuldnokka, vallandades koletu ja ootamatu sündmusteahela, mis seda lähestikku hoidvat kogukonda tõsiselt vapustab. Armastatud pesapallitreener ja õpetaja Nate Winters ning tema naine Alecia on selles majanduslangusest räsitud linnas lugupeetud inimesed. Vähemalt senimaani, kuni üks paljudest maha sadanud lindude lugu uurivatest ajakirjanikest tabab Nate’i räpaka motelli juures üht isepäist õpilast Lucia Hammi embamas. Lucia kütab skandaali peagi veel rohkem üles väitega, et temal ja Nate’il on suhe, ajades linnarahva marru... ja pannes Alecia juurdlema, kas tema abikaasa elab salaelu.
Kui Lucia ühtäkki kaob, on politseil ainult üks kahtlusalune: Nate.
Nate’i töökaaslane ja ainus toetaja Bridget Peterson, kes on samas ka Lucia loova kirjutamise õpetaja, otsustab asuda mehe süütust tõestama. Tema käes on Lucia kirjutamispäevik ning kuigi mõned sissekanded ei paista Nate’ile kaugeltki midagi head tõotavat, siis teised lihtsalt ei klapi. Bridget teab, et Nate’i hea maine taastamise võimalus ja tõde Lucia kadumise kohta peituvad koolimajas ning selle päeviku lehekülgedel.
Eri vaatenurkadest jutustatud ning ajas edasi-tagasi liikuv „Mustade lindude aeg” maalib painava pildi ühe tüdruku täisikka jõudmisest, kujutab nüansirohkelt kriisi küüsi sattunud abielu ning portreteerib meisterlikult üht suurtest saladustest tulvil väikelinna.
